Wsypujemy ser do podgrzanego białego wytrawnego wina tak, aby sera było dwa razy więcej, niż wina, ciągle mieszając, aż do rozpuszczenia. Bardzo ważne jest, aby fondue zachowywało stałą temperaturę, nie stwardniało ani nie wrzało przed dodaniem mąki ziemniaczanej. Mąkę ziemniaczaną rozprowadzoną w odrobinie wina dodajemy dopiero wtedy, gdy ser całkiem się rozpuści. Robimy to, szybko mieszając, by nie powstały grudki, potem doprowadzamy do wrzenia, nadal mieszając, aż masa zgęstnieje. Gdy tylko masa jest gorąca, zmniejszamy płomień, by się nie przypalała i nie przywierała do dna naczynia.
Jeśli masa zbytnio zgęstnieje i zacznie zamieniać się w kulę, należy dalej ją podgrzewać na małym ogniu i ciągle mieszać, jakby kreśląc ósemki, aby środek się nie zbijał w kulę, oraz rozprowadzić ją niewielką ilością wina (lub mleka, jeśli jest to fondue bezalkoholowe).
Jeśli masa jest za rzadka, należy dodać więcej sera, jednak trzeba uważać, by nie przesadzić. Ostatecznie fondue powinno być jednolite, o konsystencji kremu. Jeśli jest inaczej, należy dodać trochę soku z cytryny, które wspomaga łączenie się składników. Im dłużej gotujemy fondue, tym większa jest koncentracja smaku i tym jest bardziej miękkie.
Należy uważać, dodając do fondue skórki serowe – ich ilość nie może przewyższać 1/3 masy serowej, inaczej smak będzie zbyt mocny.
Ser może być słony sam w sobie, trzeba więc zawsze najpierw sprawdzić smak, a potem ewentualnie dodać soli i pieprzu.
Naczynie do fondue przed użyciem można natrzeć przekrojonym ząbkiem czosnku – nada mu to aromatu. Świeże zioła dodajemy na końcu, suszone – w trakcie mieszania. Do fondue pasują: gałka muszkatołowa, koperek, cząber, pieprz, kminek oraz skórka z cytryny. Zioła i przyprawy dodajemy stopniowo. Do wzmocnienia koloru można dodać trochę namoczonego szafranu, a do zmiękczenia smaku – kurkumę.
Do zanurzania przygotowujemy pieczywo, w zasadzie dowolne, oprócz toastowego, gdyż szybko się kruszy. Po przyrządzeniu masy serowej na widelczyk do fondue nadziewamy kawałeczek pieczywa, zanurzamy we wrzącej masie i po krótkim ochłodzeniu próbujemy. Pieczywo zanurzane w prawidłowo przyrządzonej masie serowej pokrywa się grubą „koszulką” z sera.
Do serowego fondue podaje się wino – najlepiej białe wytrawne. Dobrze też pasują napój wiśniowy, koniak, wódka, nalewka śliwkowa lub malinowa. Można tez podać czarną herbatę lub kawę.
